主卧凹进去一块还有窗户?

这个凹部应是衣柜（储藏）的位置。
如果是通透型的房型，看不到通风情况你没有提供全套户型的平面图，这个小窗完全可以取消。
如果不是通透过的房型，那个小窗就有可能是原计设考虑的通风小窗
                        

长2.5米，深2米，空间不小，可考虑儿童床位。也可以下面书桌，上半截储物。
                        

卧室摆张书桌恐怕不太协调，可以做一个多层衣柜，最上层横向不要有隔断，用以存放多余的被子。